La parola è di origine greca, ékleipsis, che signfica propriamente "abbandono", con allusione alla scomparsa del disco solare o lunare, quindi eclissi lunare ed eclissi solare.
Dal greco si originò il latino eclipsis, e di qui una forma italiana regolare in -e, eclisse (come nave da navis e fine da finis). In seguito venne introdotta una forma considerata più elegante e dotta, rispettosa della finale in 'i' del latino, ovvero eclissi che è diventata nel tempo di uso comune. Il genere della parola è considerato tipicamente femminile.

Quale forma è corretta?
Tutte e due le forme sono considerate di uso corretto nella nostra lingua e quindi si possono utilizzare senza timore di essere in errore le forme 'eclisse' ed 'eclissi', anche se la forma 'eclissi' ha una netta prevalenza soprattutto nella forma scritta.